同时有鉴定意见和审计结论，该以哪个作为工程款结算依据？

根据相关法律规定，只有甲乙双方在合同中明确约定了结算以审计结论作为依据的情况下，才能将审计结论作为解决工程款争议的依据。工程结算与财评审计是两个虽然有联系但却截然不同的概念。

工程结算是甲乙双方的民事法律行为，是作为平等主体之间对工程造价进行审查、核对的过程。而财评审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响甲乙双方之间的合同与协议效力。

因此，在合同没有明确约定的情况下，就算有审计结论，也应该以鉴定意见作为结算依据。

有时候，合同中也确实会有以审计结论为结算依据这样的约定，但审计结论往往不符合乙方的利益，那么，这种情况下，乙方要如何突破、推翻审计结论呢？一般来说，可以从以下几个方面考虑。

第一，在审计结论出具之前催促甲方进行结算。

前文提到，裁判审计与工程款结算属于不同性质的法律关系范畴，不管是否进行审计，均不影响双方已经形成的对于工程款结算的效力，故只要双方已经办理了结算，均应当以当事人的约定作为法院判决的依据。

第二，主张财评审计结论不真实、不合理

《中华人民共和国审计法实施条例（2010修订）》第五十三条规定：“除本条例第五十二条规定的可以提请裁决的审计决定外，被审计单位对审计机关作出的其他审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。”

因此，就算双方在合同中有约定，但如果乙方可以证明审计部门对工程项目已无法就当时施工现场实际情况实施审计并出具正式竣工决算审计报告，审计结论不真实、不合理，则约定的根据审计部门审计结论确定工程价款的约定在事实上已无法履行，乙方可以提出鉴定申请。

总而言之，只要没有以审计结论为结算依据的约定，乙方就可以通过鉴定的方式来解决工程款争议，如果有类似约定，也可以视具体情况突破，推翻审计结论，不过，实践中具体如何操作，需要根据具体的情况来制定方案。

因此，为了防患于未然 ，乙方最好是在签合同时就做好相应的风险防范措施，当不得不通过法律手段来维护自己的权益、解决政府工程审计审减工程款难题时，也应当委托专业从事工程法务行业的资深律师来处理。