已施工的桩和未来的钢柱错位，基础计算怎么办？

情况是桩已经打好，承台没有施工，上部结构是2层钢结构，荷载不大。但钢柱和桩错位比较多。有的甚至跑到承台的连梁上了。

现在想用PKPM计算钢柱下的连梁够不够及修改大小及配筋，我应该怎么做。新版的PKPM只能在柱子下面设桩设柱墩，而且连梁上不能加集中荷载或读取上部数据。

我该怎么做，请高手指教